Fort de 3 700 associations locales de pêche, 94 fédérations départementales, 12 associations régionales, 6 unions de bassin, 10 associations migrateurs et 1 fédération nationale, le réseau associatif de la pêche de loisir a pour mission de protéger les milieux aquatiques, les espèces qui les peuplent mais aussi favoriser la pêche. Des milliers de bénévoles et de salariés travaillent main dans la main du local au national, aux côtés de nombreux partenaires.

Le Jura compte à ce jour 27 associations agréées pour la pêche et la protection du milieu aquatique (AAPPMA), auprès desquelles les pêcheurs prennent leur carte. Elles détiennent et gèrent les droits de pêche qu’elles acquièrent, reçoivent ou louent sur des propriétés publiques et privées. Elles mènent des actions d’animations et d’information auprès de tous les publics, organisent la gestion piscicole, contrôlent les pêcheurs et surveillent les cours d’eau. Toutes les aappma sont réciprocitaires en prenant une carte fédérale, ce qui n'est pas nécessairement le cas dans d'autres départements.

La fédération du Jura anime et  coordonne les actions des associations agréées du département. Elle est chargée d’organiser et de promouvoir le loisir pêche, de mener des actions d’éducation à l’environnement, de protéger et de restaurer les milieux aquatiques, de coordonner les missions de police de la pêche et de collecter la Redevance Milieux Aquatiques (RMA, reversée aux Agences de l’eau).

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AAPPMA

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