Les lacs de Bellefontaine et des Mortes offre un cadre naturel et paysager splendide au pied du massif du Risoux. Ils constituent également la tête de bassin d’un hydrosystème souterrain karstique, dont l’exurgence a lieu au niveau de la Doye Gabet à Morbier, dans la vallée de la Bienne.

Le contexte naturel de la zone engendre la présence d’une très importante quantité de matière organique dans les sédiments du lac. La morphologie des deux cuvettes permet de multiples brassages de l’eau au cours de l’année. On n’observe donc pas de désoxygénation marquée et durable au sein de la colonne d’eau. Peu de molécules exogènes ont été mises en évidence dans l’eau, mais peu de données de qualité physico-chimique sont disponibles.

Les habitats humides observés à proximité des plans d’eau présentent un intérêt pa- trimonial très fort, avec 80% des habitats rencontrés d’intérêt communautaire. Leur état de conservation est par ailleurs majoritairement excellent ou bon.

La gestion du niveau du plan d’eau constitue également un enjeu majeur de la pré- servation de la qualité de l’eau et des habitats. Celle-ci s’organise autour de la gestion de l’ouvrage situé à l’exutoire du lac, et également en lien avec les prélèvements pouvant être réalisés au titre de l’alimentation en eau potable. La faible profondeur des cuvettes lacustres entraîne une vulnérabilité accrue concernant cette thématique.

Le peuplement piscicole des lacs des Mortes et de Bellefontaine présente un état de conservation assez bon en rapport aux autres lacs du département du Jura, notamment en terme de composition du peuplement, mais également dans son abondance de brochets, meilleure que sur d’autres plans d’eau.

Afin de maintenir et/ou de restaurer le fonctionnement écologique de ces milieux na- turels, il apparaît indispensable d’engager un ambitieux programme. Cette démarche doit passer par un éventail d’opérations complémentaires telles que l’évolution de certaines pratiques sur le territoire et/ou d’aménagements de l’espace, et la recherche de nouvelles clés de compréhension des fonctionnements écologiques actuels.

Ces actions opérationnelles doivent être accompagnées par la mise en œuvre et/ou par la poursuite de mesures d’acquisition de connaissance, de suivi et de gestion, afin de pouvoir en contrôler l’efficacité et les éventuelles limitations.