La truite fario a fait la renommée du Jura et la diversité des rivières jurassiennes permet de la rechercher avec une multitude de techniques. La pêche à la mouche et notamment la pêche en nymphe à vue est très pratiquée.

Les secteurs les plus favorables du département sont les suivants:

• La haute vallée de l'Ain en amont du pont du Navoy
• La Bienne
• La Lemme et la Saine
• La Cuisance amont
• La Seille amont

Cette liste n'est pas exhaustive et certaines petites rivières réservent encore des trésors. 

De nombreuses rivières jurassiennes sont aujourd'hui dégradées et ne permettent pas un développement optimal des espèces piscicoles. Sur ces milieux, une gestion halieutique est mise en place avec des empoissonnements en truites surdensitaires, principalement des truites arc-en-ciel. Cette pratique permet de valoriser ces secteurs et d'augmenter l'offre de pêche. Les sites internet des AAPPMA permettent de se tenir au courant de ses empoissonnements.