Malgré les atteintes au milieu, ce territoire compte des parcours parmi les plus intéressants du Jura pour la pêche de la truite. La pêche se mérite et l'accessibilité est souvent difficile en raison des nombreux secteurs de gorges. 

La Bienne en aval de Saint-Claude est plus facile d'accès que la partie amont. Ses affluents (Tacon, Flumen, Longviry ...) possèdent des populations de truites intéressantes mais des accès souvent compliqués.

Le lac des Rousses offre un spot majeur pour la pêche des carnassiers et du corégone.